発表リスト　(2014)

  1. ○ 庄司光男、宇宙空間でのアミノ酸生成についての理論的研究、「実験・観測・計算シナジーによる自然界における生体分子の非対称性起源の解明」@自然科学研究機構 、2014/11/29.

  2. ○ Mitsuo Shoji, Yuzuru Ujiie, Wataru Tanaka, Megumi Kayanuma, Ryuhei Harada, Hiroaki Umeda, Yasuteru Shigeta, Takeshi Murakawa, Hideyuki Hayashib,QM/MM study on the L-threonine formation reaction of threonine synthase, QSCP XIX@taipei, poster, 2014/11/11-17.

    3. 日本生化学会大会@京都, 2014/10/15-18
  3. ○庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 栢沼愛, 梅田宏明, 重田育照, 村川武志, 林秀行, トレオニン合成酵素における生成物支援触媒機構解明のための精密自由エネルギー計算, ポスター（2P-157）。
  4. ○田中弥, 氏家謙, 友池史明, 庄司光男, 栢沼愛, 増井良治, 倉光成紀, 重田育照, ウリジンシチジンキナーゼ中のウリジンのプロトン化状態についての理論的研究, ポスター（2P-169）。
  5. ○氏家謙, 田中弥, 庄司光男, 栢沼愛, 重田育照, 町田康博, 村川武志, 林秀行、トレオニン合成酵素における反応中間体の自由エネルギー変化についての理論解析, ポスター(2P-172).


    6. 日本生物物理学会年会@札幌, 2014/9/25-27
  6. ○Megumi Kayanuma, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta, A QM/MM study of amide formation reaction of Nitrile Hydratase, poster (1P074).
  7. ○ Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Shusuke Yamanaka, Jian-Ren Shen, Kizashi Yamaguchi, Theoretical investigation on the conformation-charge relationship of the photosystem II oxygen evolving complex (PSII-OEC), poster (2P257).


    8. 分子科学討論会@広島大, 2014/9/21-24
  8. ○ 栢沼愛、庄司光男、重田育照、ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究、ポスター(2P180)。
  9. ○ 庄司光男、田中弥、氏家譲、栢沼愛、梅田宏明、重田育照、中野祥吾、片柳克夫、同化型亜硝酸還元酵素における全化学反応の理論的解明、口頭発表(4C06)。
  10. ○ 梅田宏明、塙敏博、庄司光男、朴泰祐、重田育照、GPGPU 化 Fock 行列計算ルーチンの OpenFMO への組み込み、ポスター（4P119）。


    11. Computational Science Workshop 2014@Tsukuba, 2014/8/20-22
  11. ○ Mitsuo Shoji, Y.Ujiie, W.Tanaka, M.Kayanuma, R.Harada, H.Umeda, Y.Shigeta, T.Murakawa, H.Hayashi, QM/MM study of the L-threonine formation reaction of threonine synthase: mechanism of the product-assisted catalysis, computational science workshop 2014, Tsukuba, oral (invited), 2014/8/22.
  12. ○ Megumi Kayanuma, M.Shoji, Y.Shigeta, Theoretical study of the reaction mechanism of nitrile hydratase, computational science workshop 2014, Tsukuba, poster, 2014/8/21.
  13. ○ Yuzuru Ujiie, W.Tanaka, M.Shoji, R.Harada, M.Kayanuma, Y.Shigeta, T.Murakawa, H.Hayashi, Free energy calculations of intermediate states of threonine synthase, computational science workshop 2014, Tsukuba, poster, 2014/8/21.
  14. ○ Wataru Tanaka, Y.Ujiie, F.Tomoike, M.Shoji, M.Kayanuma, R.Masui, S.Kuramitsu, Y.Shigeta, A theoretical study on interactions between uridine-cytidine Kinase and its Substrate, computational science workshop 2014, Tsukuba, poster, 2014/8/21.


    15. 第14回蛋白質科学会、横浜、2014/6/25-27
  15. ○ 田中 弥 、氏家 謙 、友池 史明 、栢沼 愛 、増井 良治 、倉光 成紀 、庄司 光男、ウリジンシチジンキナーゼ基質のプロトン化状態についての理論的検討、第14回蛋白質科学会、横浜、ポスター, 2014/6/25-27.
  16. ○ 氏家 謙 、田中 弥 、栢沼 愛 、町田康博 、村川 武志 、庄司 光男、熱力学積分法によるトレオニン合成酵素の基質結合自由エネルギー評価、第14回蛋白質科学会、横浜、ポスター、2014/6/25-27.
  17. ○ 庄司 光男、田中 弥 、氏家 謙 、栢沼 愛 、梅田 宏明、中野 祥吾 、片柳 克夫 、同化型亜硝酸還元酵素の反応機構の理論的解明、第14回蛋白質科学会、横浜、ポスター、2014/6/25-27.

  18. ○ Mitsuo Shoji, A development of the computational biosciences with supercomputers, AWEST2014, Awaji Island, oral (invited), 2014/6/17.

  19. ○梅田宏明、庄司光男、塙敏博、朴泰祐、GPGPU化したFock行列計算ルーチンのOpenFMOへの組み込み、日本コンピュータ化学会(春)、東工大、2014/5/29, 30

  20. ○庄司光男,氏家謙,田中弥,栢沼愛,梅田宏明,村川武,林秀行,重田育照,QM/MM 法によるトレオニン合成酵素の反応制御機構の理論解明,理論化学討論会,名古屋大学,口頭,2014/5/22.

  21. ○庄司光男, QM/MM法による酵素反応機構の理論的解明, CUTE Mini-Worksho, 三重大学,口頭（招待）, 2014/5/21。

    22. 日本化学会春年会 2014@名古屋大学　2014/3/27-30
  22. ○庄司光男,磯辺寛,山中秀介,沈建仁,山口兆,大規模QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態,口頭.
  23. ○庄司光男,氏家謙,田中弥,栢沼愛,梅田宏明,町田康博,村川武志,林秀行,トレオニン合成酵素の反応機構についての理論的研究: 反応特異性決定過程の解明,口頭.
  24. ○栢沼愛,花岡恭平,庄司光男,ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究,ポスター.

  25. ○庄司光男、QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態と構造,異分野融合による新材料開発のための計算科学,RIKEN AICS, 2014/3/8 (Invited).



    発表論文


  1. M.Nagai, C.Kobayashi, Y. Nagai, K.Imai, N.Mizusawa, H.Sakurai, S.Neya, M.Kayanuma, M.Shoji, S.Nagatomo, Involvement of Propionate Side Chains of the Heme in Circular Dichroism of Myoglobin: Experimental and Theoretical Analyses, J. Phys. Chem. B 2015, 119 (4), 1275-1287, DOI: 10.1021/jp5086203.

  2. Y.Komatsu, M.Kayanuma, M.Shoji, K.Yabana, K.Shiraishi, M.Umemura, Light absorption and excitation energy transfer calculations in primitive photosynthetic bacteria, Molecular Physics, 113 (12), 1413-1421 (2015), DOI:10.1080/00268976.2014.998305.

  3. Y.Komatsu, M.Umemura, M.Shoji, M.Kayanuma, K.Yabana, K.Shiraishi, Light absorption efficiencies of photosynthetic pigments: the dependence on spectral types of central stars, International Journal of Astrobiology, 14 (3), 505-510 (2014), doi: 10.1017/S147355041400072X .

  4. M.Shoji, Y.Yoshioka, K.Yamaguchi, An Efficient Initial Guess Formation of Broken-Symmetry Solutions by using Localized Natural Orbitals, Chem. Phys. Lett., 608, 50-54 (2014), DOI:10.1016/j.cplett.2014.05.063.

  5. M.Shoji, K.Hanaoka, Y.Ujiie, W.Tanaka, D.Kondo, H.Umeda, Y.Kamoshida, M.Kayanuma, K.Kamiya, K.Shiraishi,Y.Machida, T.Murakawa, H.Hayashi, A QM/MM Study of the l-Threonine Formation Reaction of Threonine Synthase: Implications into the Mechanism of the Reaction Specificity, Journal of the American Chemical Society, 136(12), 4525-4533 (2014), DOI:11.1021/ja408780c.




    その他(発表、出版)


  1. 公開講習会開催(第5回計算生命科学WG)、講演者：米澤康滋、蛋白質構造と機能研究の分子シミュレーション計算アルゴリズム,CCS, 2014/11/7。
  2. 庄司光男, 大規模分子シミュレーションによる生命現象の解明, 第6回「学際計算科学による新たな知の発見・統合・創出」シンポジウム、口頭発表、2014/10/21。
  3. 庄司光男, 第５章１-２節執筆分担、“金属錯体の量子・計算化学”、錯体化学会選書10、山口兆、榊茂好、増田秀樹編著、三共出版、2014/9/18(出版）。
  4. 庄司光男、同化型亜硝酸還元酵素の高次機能の理論的解明、学際大規模情報基盤共同利用第6回シンポジウム, 品川、ポスター、2014/ 7/11。
  5. 庄司光男、生体酵素における特異的反応機構の理論的解明、学際大規模情報基盤共同利用第6回シンポジウム, 品川、口頭、2014/ 7/10。
  6. 公開講習会開催(第4回計算生命科学WG)、講演者：北河康隆、金属タンパク質活性中心の機能における化学的環境の重要性―理論計算からのアプローチ―、CCS、2014/6/18。
  7. Mitsuo Shoji, Methods and applications for biomolecular simulations, Computational Science Literacy, Mar.19,2014, CCS.
  8. 庄司、花岡、坂本、第3回つくば科学研究コンテスト、審査員、2014/3/16.
  9. 公開講習会開催、(第３回計算生命科学WG)、講演者：鷹野優、蛋白質中における金属補欠分子の電子構造制御に関する理論的研究、CCS、2014/3/17。
  10. 庄司光男、林秀行、 必須アミノ酸"トレオニン"生合成の最終過程が明らかにースーパーコンピュータで網羅的に反応経路を探索、プレスリリース、筑波大学、大阪医科大学, 2014/3/14.
  11. 花岡恭平, レプリカ交換分子動力学法によるビタミンD受容体のコンフォメーションアンサンブルの生成, つくばソフトマター研究会2014, 2014/3/3.
  12. 庄司光男, 酵素反応機構の理論的解明, つくばソフトマター研究会2014, 2014/3/3.
  13. Mitsuo Shoji, Computational bioscience with supercomputers, Division of Life Sciences, External Review (Reviewer: Andrew Roger), 2014/2/19.